O segundo passo do programa de prevenção de acidentes da MRS é revisar padrões dos operadores do Centro de Controle Operacional e do pessoal de campo. Em seguida, treinar e capacitar os operadores do CCO e implantar procedimentos permanentes de manutenção da sinalização ferroviária.

Estas ações, aliadas ao aperfeiçoamento dos sistemas de comunicação (rádio, satélite) e aos grandes investimentos na recuperação e manutenção da via permanente, como material rodante e de tração, levam a MRS a ser referência em segurança para outras empresas do setor.

O programa social de educação e conscientização das populações que vivem à margem da malha ferroviária tem dado resultados positivos. Juntamente com a formação de grupos técnicos de trabalho, previne e até elimina a ocorrência de acidentes.

A MRS desenvolve, ainda, um programa de estudo que analisa e esteriliza riscos em Passagens de Nível, em toda a malha ferroviária, inclusive com a adoção de um programa de sinalização para as PN's. O objetivo, além de alertar as pessoas que cruzam a via férrea, é melhorar as condições de segurança oferecidas pela MRS.