Mais de 682 locomotivas e 17,9 mil vagões trafegam pela malha MRS. São trens descendo ou subindo para os Portos, entrando e saindo das oficinas, sendo carregados e descarregados a todo momento. É para controlar tudo o que acontece no campo de operação da Empresa que existe o CCO - Centro de Controle Operacional.

O Centro fica em Juiz de Fora, onde está a sede operacional da MRS. No CCO existem painéis mímicos que representam a configuração da ferrovia. Ao longo da linha, existem dispositivos que são acionados com a passagem do trem e esta informação é direcionada para o CCO. Então, começa uma "dança" de luzes verdes e vermelhas que representam a posição em que se encontram os trens.

É do CCO que os operadores controlam cada trecho, abrindo ou fechando uma chave de mudança de via, movimentando cancelas e passando informações para os maquinistas via rádio. Desta forma, os trens são direcionados pelo CCO, mantendo todo o transporte na melhor e maior ordem possível.

O CCO pode ser considerado o "coração" da operação da MRS. Como os trens trafegam dia e noite, não há férias ou dia santo. O Centro funciona 24 horas por dia e os colaboradores que ali trabalham têm de estar atentos sempre.

Um erro pode causar um acidente e é por isso que, além de contar com profissionais altamente capacitados, o CCO tem também um "Sistema de Falhas Seguras", que não permite a abertura de duas rotas ao mesmo tempo para duas composições, por exemplo.

O CCO também aciona equipes de manutenção de sinais, de via permanente e de socorro. Emite relatórios e trabalha diretamente com os gestores de frotas, que repassam toda a programação diária de transportes para que tudo ande conforme os contratos e atenda as necessidades da MRS.